第1條本辦法依植物防疫檢疫法第十一條第二項規定訂定之。第2條植物或植物產品由金門、馬祖地區以運往、攜帶、托運或郵寄等方式運出至其他臺灣地區應經檢查合格。前項應施檢查植物或植物產品，由中央主管機關公告之。第3條由金門、馬祖地區運出至其他臺灣地區之植物或植物產品，所有人或其代理人應於運出前，填具申請書，並檢附來源地供貨證明書或旅客出具之聲明書，向植物防疫檢疫機關申請檢查；其來源地供貨證明書之核發，由當地縣（市）主管機關或其委託之法人辦理。前項來源地供貨證明書之核發，當地縣（市）主管機關得依申請人之具結辦理，必要時得會同相關機關（構）實地勘查。相關核發須知由中央主管機關定之。第一項植物或植物產品如屬郵寄或旅客攜帶者，經檢查人員認定屬金門、馬祖地區當地所產，且在規定數量以內，檢查人員得登錄植物或植物產品種類、數量等資料，收件人、寄件人之姓名、電話、地址或旅客姓名、國民身分證統一編號後放行，免附申請書、聲明書或來源地供貨證明書。前項植物或植物產品種類、數量由植物防疫檢疫機關公告之。第4條申請運出應施檢查之植物或植物產品，未繳驗來源地供貨證明書者，植物防疫檢疫機關應責令其補繳；未補繳者，通知領回或銷燬。第5條植物防疫檢疫機關依第三條規定之檢查，經檢查不合格者，得發給不合格通知書。第6條本辦法之檢查，得由植物防疫檢疫機關指定場所實施。第7條運出之植物或植物產品，經檢查罹患或疑患有害生物，植物防疫檢疫機關應通知所有人或其代理人，限期將該植物或植物產品連同其包裝、容器予以消毒、銷燬或領回。逾期未辦理或有緊急處置必要時，由植物防疫檢疫機關逕予處置；其費用由所有人負擔。第8條本辦法之檢查、消毒、銷燬或其他必要之處置，必要時，植物防疫檢疫機關得委託當地縣(市)主管機關或其他法人辦理。第9條本辦法所定書表、證明文件等格式，由植物防疫檢疫機關定之。第10條本辦法之植物或植物產品檢查，免收取檢查費及工本費。第11條本辦法自發布日施行。